Được xác định là một trong các hoạt động trọng tâm của trung tâm, công tác phát hiện, bồi dưỡng học sinh năng khiếu dự thi Kỳ thi chọn học sinh giỏi các cấp luôn được Ban giám đốc trung tâm quan tâm, đầu tư. Nhờ vậy, trong các năm học gần đây, thành tích học sinh giỏi của Trung tâm đã có những tiến bộ vượt bậc, dẫn đầu khối giáo dục thường xuyên trong toàn thành phố. Điều đó được thể hiện thông qua số lượng học sinh đạt giải, chất lượng giải và lĩnh vực đạt giải có sự tăng trưởng nhanh, bền vững. Thông qua việc tổ chức, tham gia kỳ thi các cấp đã góp phần tạo nên trong phong trào thi đua dạy tốt - học tốt toàn thể giáo viên, học sinh của trung tâm, đưa trung tâm ngày càng phát triển nhanh, mạnh, toàn diện và bền vững.